2041 год. Прогресс в области биомеханики позволяет людям заменять утраченные конечности высокотехнологичными протезами. Капитан Мотоко Кусанаги из спецотдела кибербезопасности расследует серию инцидентов, связанных с загадочным хакером, известным под псевдонимом Марионетка.
Расследование приводит её в глубины DarkNet, где стираются границы между человеком и машиной. Каждая новая зацепка открывает более сложную паутину цифровых преступлений, бросая вызов самим основам кибернетической эпохи.