Испания, 1944 год. Среди густых лесов Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Здесь командует её новый отчим — капитан Видаль, безжалостный офицер франкистской армии, одержимый целью уничтожить повстанцев любыми средствами.
Однажды Офелия находит рядом с домом загадочный заброшенный лабиринт, куда её приводит волшебная фея. В сердце лабиринта девочка встречает Фавна, хранителя древнего подземного мира. Существо открывает ей невероятную тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую ищут целые столетия. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, она должна выполнить три тайных испытания до полнолуния, не раскрыв никому свою миссию.